Baptista futbola 1993'te Sao Paulo'da başladı. Hocası Alberto Julio Enrique Silva'dır. 2003'e kadar Sao Paulo'da oynayan yıldız oyuncu 75 maçta 10 gol ve 22 asist ile takımın en önemli oyuncularından biri oldu. 2003 yılında Sevilla'ya transfer olan Baptista 63 maçta 38 gol ve 44 asist ile dikkatleri üzerine çekti. Ardından Real Madrid, Arsenal ve Roma