Futbola Östra Torp takımında başlayan İsaksson, Trelleborg'da profesyonel oldu. 1.99 boyunda olan İsveçli, 1999 yılında Juventus'a geçti ancak Van der Sar'ın gölgesinde kaldı. Djugardens ve Rennes'de yıldızı parlayan İsaksson oradan Manchester City'e transfer oldu.