Eskişehirspor ile bu sezon TFF 1. Lig'de 13 maça çıkan Milinkovic, 4 gol, 3 asistlik performans sergiledi. Eskişehirspor, Sırbistanlı oyuncu ile yolların ayrıldığını resmi internet sitesinden açıkladı.
Eskişehirspor'dan yapılan açıklamada şu ifadelere yer verildi;
"A takımı oyuncularımızdan Marko Milinkovic ile alacaklarına istinaden yapmış olduğumuz görüşmelerde kendisine sunduğumuz tüm ödeme planlarına rağmen herhangi bir mutabakat sağlanamamış ve oyuncumuz kulübümüzden ayrılma kararı almıştır. Oyuncumuza bugüne kadar kulübümüze vermiş olduğu emekler için teşekkür eder, bundan sonraki kariyerinde başarılar dileriz."