EURO 2004'e ilk turda veda eden Skibbe'nin kötü kaderi Borussia Dortmund ve Leverkusen'de de devam etti.
YÖNETİMDEN güven oyu alarak görevine devam eden Skibbe, çalıştırdığı takımlarda sezona hep kötü başlamasıyla tanınıyor. Milli takımla EURO 2004'e daha ilk turda veda eden Skibbe'nin kötü kaderi Dortmund'un ardından Leverkusen'de de devam etti. 2006- 07 sezonunda ilk maçını kazansa da daha sonraki 5 haftada 3 puan alamadı.
2007- 08 sezonunda ise ilk 5 haftayı sadece 2 galibiyetle geçebildi. Skibbe'nin oyun kurgusu şu an olduğu gibi o zaman da tartışılmıştı.