1998'te henüz 32 yaşında Borussia Dortmund'un başına geçen Skibbe, Bundesliga tarihinin en genç hocası unvanını aldı. 1.5 yıl sonra kovulan Skibbe, 2000-04 arasında milli takımda Völler'in yardımcılığını yaptı. Geçen sezon UEFA Kupası maçında Skibbe'nin çalıştırdığı Leverkusen, Galatasaray'ı 5-1
